Карл Теодор — 2 года младший брат Елизаветы Баварии, Императрицы Австрии, также известной как Сисси. Их отцом был герцог Максимилиан Иосиф (1808–1888), а матерью была баварская королевская дочь Людовига (1808–1892).
В возрасте 14 лет он вступил в баварскую армию, а затем участвовал во франко-прусской войне (1870-1871) в качестве старшего офицера. Война прервала его учебу в Мюнхенском университете, где он изучал философию, право, экономику и, наконец, медицину. Среди его самых известных учителей — химик Юстус фон Либиг. Тем не менее он окончил университет в 1880 году и стал доктором медицины.Молодой человек, у которого голубая кровь, становится очень известным окулистом, который начинает свою карьеру почти в 30 лет.
Причина стать врачом очень личная. В 1865 году он женился на своей двоюродной сестре Софии Саксонской (1845–1867), у которой после рождения первого ребенка появились респираторные осложнения, и он был очень потрясен. Через год она заболела гриппом и умерла всего в 21 год. Смерть любимой женщины глубоко затрагивает Карла Теодора. Бессильный перед ее смертью, он решает изучать медицину, несмотря на разногласия в его семье.
Герцог Карл Теодор Баварский специализируется в Вене под руководством великого хирурга Теодора Бильрота, работает в его клинике.
Карьера герцога началась в быстром темпе. Всего за 4 года он проводит около 1000 операций по глаукоме и катаракте с 95% -ным успехом, что является сенсационным! В то же время Карл Теодор был личным врачом всей своей аристократической линии. Он первым обнаружил полное безумие своего двоюродного брата, короля Баварии Людвига II.
В 56 лет Карл Теодор основал глазную клинику в Мюнхене. Его рабочий день начинался в 6:30 утра, и за всю свою жизнь он выполнил более 6 тысяч операций на глазу. В то время в Германии не было общего социального и медицинского страхования, а финансирование лечения всех его пациентов осуществлялось им самим.
После смерти Карла Теодора в возрасте 70 лет его дело продолжила его вторая жена Мария Джозеф, которая пережила его к 34 годам и до недавнего времени занималась развитием больницы.
Сегодня специализированное медицинское учреждение проводит 12 000 операций в год и имеет репутацию наиболее оснащенной и востребованной клиники в немецкоязычной Европе. Герцог Карл Теодор похоронен в семейной могиле во дворце на Тегернзее.